Program Kurulumu

Program Kurulumu#

Uyarı

Bu dokümantasyon, MareNostrum 5 (MN5) resmi sayfasının belirli bölümleri Türkçeye çevrilerek Haziran 2025 tarihinde hazırlanmıştır. Sistemde yapılan güncellemeler veya değişiklikler bu belgeye yansımamış olabilir. En güncel ve doğrulanmış bilgiye ulaşmak için lütfen BSC’nin resmi MN5 belgelerine başvurunuz:

https://www.bsc.es/supportkc/docs/MareNostrum5/intro/

Program Kurulumu ve Yazılım Ortamı#

MareNostrum 5 (MN5) kümesinde yazılım ortamı, modül sistemi üzerinden yapılandırılmıştır. Bu bölümde önceden kurulu yazılımların konumu, modül sistemi kullanımı ve kullanıcı tarafından yazılım kurulumu hakkında bilgiler verilmektedir.

Önceden Kurulu Yazılımlar#

Tüm önceden kurulu yazılımlar küme genelinde /apps dizininde yer alır. Burada uygulamalar, kütüphaneler, derleyiciler ve ortam hazırlayıcı modül dosyaları bulunur.

Eğer ihtiyacınız olan yazılım sistemde kurulu değilse, BSC destek ekibi ile iletişime geçerek kurulum konusunda yardım alabilirsiniz.

Modül Sistemi (modulefiles)#

MN5, kullanıcı ortamının dinamik şekilde yapılandırılmasını sağlayan Environment Modules paketini kullanır. Detaylı bilgi için: https://modules.sourceforge.net

Modül dosyaları aşağıdaki dört gruba ayrılmıştır:

Modül Grupları#

Grup

Açıklama

applications/tools

HPC uygulamaları ve genel araçlar (örn. GROMACS, Perl vb.)

compilers

Derleyiciler (örn. Intel, GCC vb.)

environment

Ortam hazırlayıcılar (örn. Python, OpenMPI, R, SDK vb.)

libraries

Derleme zamanında kullanılan kütüphaneler (FFTW, LAPACK vb.)

Modül Kullanımı#

Bir modül aşağıdaki şekillerde yüklenebilir:

Varsayılan sürümle yüklemek için:

module load intel

Belirli bir sürümle yüklemek için:

module load intel/2023.2.0

Diğer yararlı komutlar:

  • Yüklü modülleri görmek için: module list

  • Kullanılabilir modülleri listelemek için: module avail

  • Modül hakkında bilgi almak için: module help <modül_adı>

  • Daha fazla bilgi için: man module

Kullanıcı Tarafından Paket Kurulumu#

Küme içerisinden dış internete doğrudan bağlantı bulunmamaktadır. Bu nedenle aşağıdaki durumlara dikkat edilmelidir:

Uyarı

Paket yöneticileri (pip, conda, apt, yum vb.) doğrudan çalışmaz. İnternet erişimi sınırlıdır.

Alternatif olarak:

  • Paket kaynak kodlarını yerel makinenizden transfer makinelerine (örneğin ``transfer1.bsc.es``) kopyalayarak kurulum yapabilirsiniz.

  • Python veya R ortamları istenirse modül sisteminde bulunan uygun ortamlar aktive edilip kendi sanal ortamınız içinde derleme yapılabilir.

Daha fazla bilgi ve örnek kurulumlar için resmi belgeleri inceleyebilirsiniz: https://www.bsc.es/supportkc/docs/MareNostrum5/Installing%20packages/install_pkgs_menu

Ek Bilgi#

Yüklediğiniz modüller yalnızca aktif oturum için geçerlidir. Kalıcı olması için ~/.bashrc veya ~/.bash_profile dosyalarına aşağıdaki gibi ekleyebilirsiniz:

module load intel/2023.2.0
module load python/3.10.8
İçindekiler