Gaussian Programının Kurulumu#
Altyapıda Gaussian’ın farklı versiyonları sıkıntısız bir şekilde çalışmaktadır. En yüksek performansı almak için işin gönderileceği işlemciye uygun (Intel AVX, AVX2 ve AVX512) Gaussian versiyonunu kullanmak önemlidir. Aksi taktirde eski nesil işlemciler ile yeni nesil işlemciler üzerinde çalışan uygulamada sadece frekans hızından kaynaklı bir farklılık hissedilebilir.
Gaussian’da (tüm versiyonları için) performansı (aynı zamanda diğer kullanıcıların işlerinin performansını) etkileyen bir diğer durum ise, işin çalışması sırasında oluşturulan geçici dosyaların hangi dizinde oluşturulacağıdır. Gaussian yoğun biçimde I/O işlemleri yapan bir uygulamadır. Bu nedenle geçici dosyalar kullanıcının ev dizininde değil, işin çalıştığı hesaplama sunucusunun yerel /tmp dizininde oluşturulmalıdır. Bu şekilde Gaussian’ın I/O işlemlerinden hem diğer kullanıcıların işleri etkilenmeyecek, hem de yerel disklerin erişim hızları yüksek olduğu için Gaussian’ın genel performansı yükselecektir.
Aşağıda Gaussian programının g16 versiyonunun TRUBA altyapısında derlenmesi için gerekli adımlar verilmiştir. Siz de aşağıdaki adımları takip ederek kurulumunu kendi ev dizininizde yapabilirsiniz. g09 versiyonu aynı adımlar izlenerek kurulabilir.
Uygulanacak Adımlar#
Not
Kurulum, preprocess gibi işlemlerinizi arf-ui kullanıcı arayüzünde gerçekleştirmemeniz gerekmektedir. Aşağıdaki komut ile interaktif shell alarak gerçekleştirmelisiniz.
srun -n 1 -N 1 -p debug --time=30:00 --pty /bin/bash -i
1. Gaussian, binary olarak dağıtılan bir paket program olduğu için, sadece arşiv paketini açmak kurulum için yeterlidir, herhangi bir derlemeye gerek bulunmamaktadır. Öncelikle kaynak kodunu kendi ev dizininize (/arf/home/kullaniciadi) kopyalayınız. Kaynak kodu sıkıştırılmış dosya formatında (*.tar veya *.tar.gz vb.) olduğundan dolayı açmak için aşağıdaki komutlardan dosya formatınıza uygun olanı kullanınız.
tar -xvf gaussian16.tar
veya
tar -xvf gaussian16.tgz
2. Bu adımda programınızı çalıştıran g16 (executable) kodunun olduğu dizini (örneğin; g16a3) kendi ev dizininize kopyalayarak adını g16 olarak değiştiriniz.
Örneğin; /arf/home/kullaniciadi/apps/gaussian/legacy_g16/g16a3 dizininde g16a3 adlı dizin altında g16 kodu bulunmaktadır. Aşağıdaki komutları kullanarak kendi ev dizininize kopyalayınız ve adını g16 olarak değiştiriniz.
cd /arf/home/kullaniciadi/apps/gaussian/legacy_g16
cp -r g16a3 /arf/home/kullaniciadi/
mv g16a3 g16
3. Programı kullanmak için bazı çevre değişkenleri tanımlanmalıdır. Bu tanımlar .profile (ya da .bashrc ) dosyasının içinde yapılabileceği gibi SLURM dosyasının içerisinde de yapılabilir.
.bashrc Dosyasının Oluşturulması#
Bu bölümde .bashrc dosyasının oluşturularak programı çalıştırma işlemi gösterilecektir. İlk olarak terminalinizden ~/.bashrc dosyanınızı herhangi bir editör (vim, nano, emacs vb.) yardımıyla açınız.
emacs -nw ~/.bashrc
Yukarıdaki kod satırı emacs editör kullanılarak .bashrc dosyanızı açar. Siz de vi ya da nano gibi editörlerle aynı işlemi uygulayabilirsiniz.
Dosyanın içerisine aşağıdaki komutları yazınız.
export g16root=/arf/home/kullaniciadi
export GAUSS_SCRDIR=/tmp
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
Uyarı
.bashrc dosyanızın hemen aktif olması için source ~/.bashrc komutunu uygulamanız gerekmektedir.
Uyarı
g09 versiyonu benzer adımlar izlenerek kurulabilir. g16 kurulumundan farklı olarak: Arşivden çıkan dosya direkt g09 dizinini çıkartır. Bu nedenle yukarıda gösterilen 2. adımı uygulamanıza gerek yoktur.Yukarıdaki adımlardan farklı olarak yapmanız gereken ilgili komut satırlarının g16 yerine g09 ile değiştirilmesidir.
SLURM Betik Dosyasının Oluşturulması#
SLURM dosyası oluşturmak için aşağıdaki komut satırlarını lütfen kendi işinize ve g16 binary dosyasının yer aldığı dizine göre uyarlayarak güncelleyiniz.
#!/bin/bash
#SBATCH -p orfoz
#SBATCH -A kullanici_adi
#SBATCH -J jobname
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 55 # orfoz sunucularinda node basina 55 veya 110 cekirdek talep edilebilir.
#SBATCH -C weka
#SBATCH --time=3-00:00:00
#SBATCH --output=jobname.out
#SBATCH --error=slurm-%j.err
echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF TASKS $SLURM_NTASKS"
echo "NUMBER OF CORES=$SLURM_CPUS_PER_TASK"
export g16root=/arf/home/kullaniciadi
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
export GAUSS_SCRDIR=/tmp/$SLURM_JOB_ID
if [ -d "$GAUSS_SCRDIR" ]
then
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
else
mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
fi
$g16root/g16/g16 < g16input_file.gjf
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
exit
#!/bin/bash
#SBATCH -p hamsi
#SBATCH -A kullanici_adi
#SBATCH -J jobname
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 54 # hamsi sunucularinda node basina 54 cekirdek talep edilebilir.
#SBATCH -C weka
#SBATCH --time=3-00:00:00
#SBATCH --output=jobname.out
#SBATCH --error=slurm-%j.err
echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF TASKS $SLURM_NTASKS"
echo "NUMBER OF CORES=$SLURM_CPUS_PER_TASK"
export g16root=/arf/home/kullaniciadi
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
export GAUSS_SCRDIR=/tmp/$SLURM_JOB_ID
if [ -d "$GAUSS_SCRDIR" ]
then
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
else
mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
fi
$g16root/g16/g16 < g16input_file.gjf
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
exit
#!/bin/bash
#SBATCH -p barbun
#SBATCH -A kullanici_adi
#SBATCH -J jobname
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 40 # barbun sunucularinda node basina 40 cekirdek talep edilebilir
#SBATCH --time=3-00:00:00
#SBATCH --output=jobname.out
#SBATCH --error=slurm-%j.err
echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF TASKS $SLURM_NTASKS"
echo "NUMBER OF CORES=$SLURM_CPUS_PER_TASK"
export g16root=/arf/home/kullaniciadi
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
export GAUSS_SCRDIR=/tmp/$SLURM_JOB_ID
if [ -d "$GAUSS_SCRDIR" ]
then
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
else
mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
fi
$g16root/g16/g16 < g16input_file.gjf
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
exit
İlgili SLURM betik dosyasını kendi kullanıcı dizininizde yer alan çalışma klasörünüzde düzenledikten sonra
sbatch gaussian16.slurm
komutu ile Gaussian işinizi sisteme submit edebilirsiniz.
