LAMMPS Kılavuzu

LAMMPS Kılavuzu#

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator), Sandia Ulusal Laboratuvarı’ndaki araştırmacılar tarafından geliştirilen ve malzeme modellemeye odaklanan bir klasik moleküler dinamik kodudur. Bu belge, TRUBA altyapısında LAMMPS programının kullanımı hakkında bilgi vermek için oluşturulmuştur.

ARF sistemine bağlanmak için öncelikle VPN bağlantınızı kurun (OpenVPN Bağlantısı). Ardından arf-uiX (X=1,2,3,4,5) kullanıcı arayüzlerinden birine giriş yapın. Terminalde aşağıdaki komutu çalıştırarak ARF sisteminde yüklü olan tüm temel programların listesini görebilirsiniz:

module avail

Bu komut, sistemde kurulu olan tüm modülleri listeler.

Not

  • ARF kümesine nasıl bağlanacağınız hakkında detaylı bilgi için Bağlantı sayfasını inceleyebilirsiniz.

Özel olarak sadece Lammps programına ait modülleri görüntülemek isterseniz terminalde

module avail |& grep lammps

veya

module avail 2>&1 | grep lammps

komutlarından birisini yazabilirsiniz.

ARF hesaplama kümesinde kurulu olan Lammps versiyonlarına ait module isimleri aşağıdaki gibidir:

apps/lammps/2Aug2023_update2-oneapi-2024
apps/lammps/23Jun2022_update4-oneapi-2022
apps/lammps/29Aug2024_stable_oneapi-2024
apps/lammps/29Aug2024_update1_oneapi-2024-hamsi
apps/lammps/29Aug2024_update1_oneapi-2024-orfoz

İlgili versiyonlar için örnek slurm betik dosyalarına /arf/sw/scripts/lammps klasörü altından ulaşabilirsiniz.

TRUBA sisteminde kurulu olan LAMMPS versiyonları dışında başka bir versiyona ve/veya farklı parametrelerle kuruluma ihtiyacınız söz konusu ise örnek kurulum yönergesine aşağıdaki linkten ulaşabilirsiniz:

TRUBA’da LAMMPS Kullanımı#

TRUBA sisteminde hali hazırda kurulan olan LAMMPS versiyonları için örnek SLURM betik dosyalarına /arf/sw/scripts/lammps dizini altından erişim sağlayabilirsiniz.

LAMMPS programını TRUBA sisteminde çalıştırmak için örnek iş betiği dosyası aşağıdaki gibidir:

#!/bin/bash
#SBATCH -p orfoz
#SBATCH -A kullanici_adi
#SBATCH -J lammps-orfoz
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 110
#SBATCH -c 1
#SBATCH -C weka
#SBATCH --time=3-00:00:00


echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF TASKS $SLURM_NTASKS"
echo "NUMBER OF CORES $SLURM_CPUS_PER_TASK"

export OMP_NUM_THREADS=1

module purge
module load apps/lammps/29Aug2024_stable_oneapi-2024

mpirun lmp -var latconst 3.9 -in in-meam.lattice


exit

Çalıştığınız klasör (/arf/scratch/kullaniciadi/calismadizini) içerisinde yukarıdaki betik dosyasını düzenleyip oluşturduktan sonra aşağıdaki adıma geçebilirsiniz.

sbatch  orfoz-lammps-run.slurm

Komutu ile TRUBA sistemine işinizi gönderebilirsiniz.

İçindekiler