Quantum Espresso Kılavuzu

İçindekiler

Quantum Espresso Kılavuzu#

Quantum ESPRESSO; yoğunluk-fonksiyonel teorisine, düzlem dalga temel setlerine ve psödopotansiyellere dayanan, nano ölçekte elektronik yapı hesaplamaları ve malzeme modellemesi yapılmasını sağlayan GNU Genel Kamu Lisansı altında ücretsiz ve özgür yazılım olarak dağıtılan bir paket programdır. Bu belge, TRUBA altyapısında Quantum ESPRESSO programının kullanımı hakkında bilgi vermek için oluşturulmuştur.

ARF sistemine bağlanmak için öncelikle VPN bağlantınızı kurun (OpenVPN Bağlantısı). Ardından arf-uiX (X=1,2,3,4,5) kullanıcı arayüzlerinden birine giriş yapın. Terminalde aşağıdaki komutu çalıştırarak ARF sisteminde yüklü olan tüm temel programların listesini görebilirsiniz:

module avail

Bu komut, sistemde kurulu olan tüm modülleri listeler.

Not

  • ARF kümesine nasıl bağlanacağınız hakkında detaylı bilgi için Bağlantı sayfasını inceleyebilirsiniz.

Özel olarak sadece QE programına ait modülleri görüntülemek isterseniz terminalde

module avail |& grep espresso

veya

module avail 2>&1 | grep espresso

komutlarından birisini yazabilirsiniz.

ARF hesaplama kümesinde kurulu olan QE versiyonlarına ait module isimleri aşağıdaki gibidir:

apps/espresso/6.7-oneapi-2022

apps/espresso/7.2-oneapi-2023.0

apps/espresso/7.4-epw-5.9-oneapi-2024

arf-ui kullanıcı arayüz sunucularından birisine bağlı iken örnek SLURM betik dosyalarına aşağıdaki dizinden erişim sağlayabilirsiniz:

/arf/sw/scripts/espresso

QE için ilgili çalışma dosyalarınızı hazırladıktan sonra terminalden

sbatch QE-slurmfile.slurm

komutu ile sistemde çalışmak üzere submit edebilirsiniz.

ARF sisteminde mevcut olan QE sürümleri dışında farklı bir sürüme ihtiyaç duyarsanız, ilgili versiyonu Quantum ESPRESSO’nun resmi web sitesinden (https://www.quantum-espresso.org) indirebilirsiniz. İndirdiğiniz klasördeki Doc dizininde yer alan kullanım kılavuzundan kurulum adımlarına ulaşabilirsiniz (QE 7.3.1 Kullanıcı Kitapçığı). QE’nin paralel çalışması için gerekli derleyici ve kütüphaneleri (ör. Intel OneAPI, OpenMPI) sistemde yüklü olan modüller arasından seçebilirsiniz. Ayrıca, Wannier90 ve HDF5 gibi QE ile entegre çalışabilen kütüphaneler de ARF sisteminde kurulu olarak bulunmaktadır, moduller arasında bu kütüphaneleri de bulabilirsiniz.

Örnek Slurm Dosyası#

#!/bin/bash
#SBATCH -p orfoz
#SBATCH -A kullanici_adi
#SBATCH -J qe74-test
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 110
#SBATCH -c 1
#SBATCH -C weka
#SBATCH --time=3-00:00:00


echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF TASKS $SLURM_NTASKS"
echo "NUMBER OF CORES=$SLURM_CPUS_PER_TASK"

export OMP_NUM_THREADS=1

module purge

module load apps/espresso/7.4-epw-5.9-oneapi-2024

mpirun pw.x < in.Si > Si.out

exit

İlgili SLURM betik dosyasını kendi kullanıcı hesabınızın dizininizde yer alan çalışma klasörünüzde (/arf/scratch/kullaniciadi/calismaklasoru) düzenledikten sonra

sbatch QEsubmitfile.slurm

komutu ile sisteme submit edebilirsiniz.

İçindekiler