İş Hazırlama Aşamaları

Moleküler Dinamik simülasyon, üç temel adımdan oluşmaktadır:

  1. Başlangıç yapısını hazırlamak

    • Protein veya polimerler için topoloji oluşturmak

    • Sisteme periyodik hücre ve çözücü eklemek

    • Çözünen sisteme iyon eklemek (sisteme yük dengesi sağlamak veya başka iyon eklenebilir.)

  2. Etkileşim potansiyellerine giriş

    • Enerji minimizasyonu (Başlangıç yapısının simülasyon öncesi daha düşük enerjili hale gelmesi veya molekülün docking (yanaştırma) için hazırlanmasını sağlar.)

  3. Parçacıkların hareketini öngörmek

    • MD simülasyonu ile sistemin dengeye getirilmesi (Sistemin sabit sıcaklıkta ve sabit basınç/hacim altında dengeleye gelmesini sağlar.)

    • MD simülasyonu ile analiz için veri toplanması

Bu adımları göstermek amacıyla http://www.mdtutorials.com/gmx adresindeki 1 numaralı Lysozyme in water örneği üzerinden gidilmiştir [http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/01_pdb2gmx.html (Erişim tarihi: 15.07.2021)]. Öncelikle https://www.rcsb.org/ adresine gidip arama motoruna 1AKI yazarak lizozimin protein yapısı PDB formatında indirilmelidir:

../../../_images/rcsb_Lysozyme_pdb.png

PDB dosyası indirilenler klasörün içerisinde 1aki.pdb şeklinde bulunabilir. Öncelikle terminalde pdb dosyasını bulmak için;

cd Documents
cd Lysozyme_in_water
ls
../../../_images/Lysozyme_folder.png

Burada Documents yerine sizin pdb dosyasını kaydettiğiniz dosyanın bulunduğu dosyayı, ‘Lysosome in water’ yerine ise 1aki.pdb dosyasının bulunduğu dosya adını yazınız [http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/01_pdb2gmx.html (Erişim tarihi: 15.07.2021)].