GROMACS

GROMACS kullanılarak birçok farklı hesaplama yapılması mümkün olsa da temel olarak çok sayıda parçacık içeren sistemler için klasik Newtonian hareket denklemlerinin çözümü ile moleküler dinamik (MD) simülasyonlar gerçekleştirmek için kullanılan çok yönlü bir pakettir. Proteinler, lipitler, nükleik asitler gibi birçok karmaşık bağa sahip biyokimyasal moleküller için tasarlanmıştır. Ancak simülasyonlarda sıkça kullanılan bağlanmamış etkileşimleri hesaplamada oldukça hızlı olduğundan birçok grup GROMACS’ı biyolojik olmayan polimerler gibi birçok sistemler üzerine yapılan çalışmalarda da kullanmaktadır. GROMACS kaba taneleme moleküler dinamik (MD Coarse-grained) simülasyonlarında da kullanılır [http://www.gromacs.org/About_Gromacs (Erişim tarihi: 25.06.2021)].


Bu Türkçe notlar Dr. Öğretim Üyesi Erol YILDIRIM ve Yüksek Lisans Öğrencisi Berin Sak tarafından kaynak olarak GROMACS web sitesindeki bilgilerden faydalanılarak hazırlanmıştır.