Amber Kılavuzu
Amber; kullanıcıların özellikle biyomoleküller üzerinde moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirmesine izin veren bir program paketinin toplu adıdır. Amber iki parça halinde dağıtılır: AmberToolsXX ve AmberXX. AmberToolsXX’i AmberXX olmadan kullanabilirsiniz, ancak bunun tersi mümkün değildir. Kodun nasıl indirileceği hakkında bilgi için Amber sayfasına bakabilirsiniz.
Bu belge, TRUBA altyapısında AMBER programının kurulumu ve kullanımı hakkında bilgi vermek için oluşturulmuştur. Amber sayfasında verilen kullanıcı el kitabı dökümantasyonu referans olarak alınmıştır.
Not
Farklı parametreler (optimizasyon parametresi vb. gibi) ile kuruluma ihtiyaç söz konusu ise ilgili programın kullanıcı el kitabından bilgialınabilir. SLURM betik dosyası benzer doğrultuda optimizason parametrelerini içerecek şekilde yapılandırılabilir.