TRUBA’da CASTEP Kurulumu

Aşağıda CASTEP programının 19.11 versiyonunun TRUBA sisteminde derlenmesi için gerekli adımlar verilmiştir. Siz de aşağıdaki adımları takip ederek CASTEP programını kendi kullanıcı hesabınızla ev dizininize kurabilirsiniz.

Barbun Hesaplama Kümesi’nde Kurulum

1. CASTEP programını derlemek için bir klasör oluşturup ilgili klasöre gidiniz. Kullanmak istediğiniz versiyon için edindiğiniz kurulum dosyalarını klasöre kopyalayınız.

mkdir CASTEP
cd CASTEP

Sıkıştırılmış arşiv dosyalarını açınız ve kurulum dosyalarının olduğu ilgili klasöre gidiniz.

tar -xzvf CASTEP-19.11.tar.gz
cd CASTEP-19.11

2. Kurulumu barbun hesaplama kümesinde optimize bir şekilde yapmak için``srun`` komutu ile barbun kuyruğundaki 1 tane makineden 4 tane CPU’yu (Barbun kümesindeki CPU kullanımı için bakınız: Barbun) kendi kullanıcınız için interaktif olarak ayırabilirsiniz. Aşağıdaki komutu yazdığınızda bekleme listesine gireceksiniz. Sıranız geldiğinde doğrudan ilgili node’a bağlanacaksınız. Hesaplama kuyruğunu ve süreyi kurallar dahilinde değiştirebilirsiniz (Kuyruklar (partitions)).

srun -A kullaniciadi -p short -C barbun -N 1 --ntasks-per-node=4 --time=02:00:00 --constraint=barbun --job-name "castep-install" --pty bash -i

3. TRUBA sisteminde genel olarak kurulu olan programlar hakkındaki bilgiye

module available

komutu ile ulaşabilirsiniz. Barbun node’unda centos 7.3 işletim sistemi yüklü bulunmaktadır.

Kullanıcınızda yüklenmiş modülleri

module list

komutu ile listeleyebilirsiniz. Herhangi bir çakışma olmaması açısından öncelikle

module purge

komutu ile kullanıcınızda tanımlı olan tüm modül dosyalarını kaldırmanız önerilmektedir.

4. Kurulum için Intel modülünü yükleyiniz.

module load centos7.3/comp/intel/PS2018-update2

Aşağıdaki komut ile Intel MKL path i hakkında bilgi elde edebilirsiniz:

echo $MKLROOT

Not

Intel 2018 için terminalde görüntüleyeceğiniz çıktı:

/truba/sw/centos7.3/comp/intel/PS2018-update2/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/mkl

5. Intel derleyicisi, Intel MPI ve Intel MKL ile kurulumu gerçekleştirmek için aşağıdaki komut satırını kulanabilirsiniz. Kurulum için belirtilen klasörün yolunu kendi kullanıcınız için kontrol ediniz:

make COMMS_ARCH=mpi FFT=mkl FFTLIBDIR=$MKLROOT/lib/intel64_lin MATHLIBS=mkl10 MATHLIBDIR=$MKLROOT/lib/intel64_lin INSTALL_DIR=/truba/home/USERNAME/CASTEP/CASTEP-19.11/bin-barbun-intel-PS2018

6. Kurulum bittikten sonra obj klasörü altında linux_x86_64_ifort18--mpi isimli bir klasör ve linux_x86_64_ifort18--mpi.mk dosyasını göreceksiniz. Yeni oluşturulan bu klasör ve dosyayı aşağıdaki komut ile tanımladığınız bin klasörüne taşıyınız.

mv obj/linux_x86_64_ifort18*  $INSTALL_DIR

Paralel olarak iş çalıştırmanızı sağlayacak oln “castep.mpi” çalıştırılabilir dosyası (castep.mpi),``linux_x86_64_ifort18–mpi`` klasörü altında yer almaktadır.

Kurulumunu yaptığınız CASTEP programını TRUBA sisteminde çalıştırmak için örnek olarak verilen SLURM dosyasını incelemek için tıklayınız…