TRUBA’da GROMACS Programı Nasıl Kullanılır?
TRUBA sisteminde hali hazırda kurulan olan GROMACS versiyonları için örnek SLURM betik dosyalarına /truba/sw/scripts/gromacs
dizini altından erişim sağlayabilirsiniz.
Hamsi hesaplama kümesinde (Hamsi Sunucularında GROMACS Programının GNU Derleyicileri ve OpenMPI İle Kurulması) GNU Derleyicileri ve OpenMPI ile kurulumu gerçekleştirdiyseniz aşağıdaki betik dosyasını referans alabilirsiniz:
#!/bin/bash
#SBATCH -p hamsi
#SBATCH -A accountname
#SBATCH -J gromacs-test
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 28
#SBATCH --time=03:00:00
#SBATCH --output=slurm-%j.out
#SBATCH --error=slurm-%j.err
echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF CORES $SLURM_NTASKS"
export OMP_NUM_THREADS=1
module load centos7.9/comp/gcc/7
module load centos7.9/lib/openmpi/4.1.1-gcc-7
GROMACS_DIR=/truba/home/kullaniciadi/gromacs/gromacs-2021.2/bin
mpirun $GROMACS_DIR/gmx_mpi mdrun calistiracaginiz_girdi_dosyalari parametre_tanimlari
exit
TRUBA’da GROMACS Programını Singularity Container Kullanarak GPU Destekli Nasıl Çalıştırılır?
Programı GPU destekli kullanmak için Singularity ile kayıt ettikten sonra, aşağıdaki slurm betik dosyasını çalıştırmanız uygun olacaktır.
#!/bin/bash
#SBATCH -p palamut-cuda
#SBATCH -A kullanici_adi
#SBATCH -J grmx
#SBATCH -N 1 #number of nodes
#SBATCH -n 16 #number of cpus
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --time=00-01:00:00
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --output=slurm-%j.out
#SBATCH --error=slurm-%j.err
# Automatic selection of ntomp argument based on "-c" (-c, --cpus-per-task=<ncpus>) argument to sbatch
if [ -n "$SLURM_CPUS_PER_TASK" ]; then
ntomp="$SLURM_CPUS_PER_TASK"
else
ntomp="1"
fi
echo $ntomp
export OMP_NUM_THREADS=$ntomp
echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF CORES $SLURM_NTASKS"
export SIF=/truba/home/kullanici_adi/gromacs-gpu/gromacs-2021.sif
singularity run --nv $SIF gmx mdrun $ntmpi -ntomp $ntomp -v -s calistiracaginiz_girdi_dosyalari
exit
TRUBA’da GROMACS Programını Palamut-Cuda Kümelerinde GPU Destekli Nasıl Çalıştırılır?
Bir önceki bölümde GROMACS yazılımını palamut-cuda kümelerinde derlemeyi gösterdik. Programın bu kümelerde düzgün çalışabilmesi için aşağıdaki örnek slurm dosyasını kendinize göre uyarlayabilirsiniz.
#!/bin/bash
#SBATCH -p palamut-cuda
#SBATCH -A kullanici_adi
#SBATCH -J grmx
#SBATCH -N 1 #number of nodes
#SBATCH -n 16 #number of cpus
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --time=00-01:00:00
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --output=slurm-%j.out
#SBATCH --error=slurm-%j.err
module purge
source /truba/sw/centos7.9/comp/intel/oneapi-2021.2/setvars.sh
module load centos7.9/comp/cmake/3.18.0
module load centos7.9/comp/gcc/7
module load centos7.9/lib/cuda/11.4
# Automatic selection of ntomp argument based on "-c" (-c, --cpus-per-task=<ncpus>) argument to sbatch
if [ -n "$SLURM_CPUS_PER_TASK" ]; then
ntomp="$SLURM_CPUS_PER_TASK"
else
ntomp="1"
fi
echo $ntomp
export OMP_NUM_THREADS=$ntomp
echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF CORES $SLURM_NTASKS"
GROMACS_DIR=/truba/home/kullanici_adi/gromacs-derleme/gromacs-2021.3
mpirun $GROMACS_DIR/bin/bin/gmx_mpi mdrun $ntmpi -ntomp $ntomp -v -s calistiracaginiz_girdi_dosyalari
exit