TRUBA’da GROMACS Programı Nasıl Kullanılır?

#!/bin/bash
#SBATCH -p mid1
#SBATCH -C hamsi
#SBATCH -A accountname
#SBATCH -J gromacs-test
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 28
#SBATCH --time=03:00:00
#SBATCH --output=slurm-%j.out
#SBATCH --error=slurm-%j.err

echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF CORES $SLURM_NTASKS"

export OMP_NUM_THREADS=1

module load centos7.9/comp/cmake/3.18.0
source /truba/sw/centos7.9/comp/intel/oneapi-2021.2/setvars.sh
module load centos7.9/lib/openmpi/4.1.1-gcc-7

GROMACS_DIR=/truba/home/kullaniciadi/gromacs/gromacs-2021.2/bin

mpirun  $GROMACS_DIR/gmx_mpi  mdrun calistiracaginiz_girdi_dosyalari
exit

TRUBA’da GROMACS Programını Singularity Container Kullanarak GPU Destekli Nasıl Çalıştırılır?

Programı GPU destekli kullanmak için Singularity ile kayıt ettikten sonra, aşağıdaki slurm betik dosyasını çalıştırmanız uygun olacaktır.

#!/bin/bash
#SBATCH -p palamut-cuda
#SBATCH -A kullanici_adi
#SBATCH -J grmx
#SBATCH -N 1    #number of nodes
#SBATCH -n 16   #number of cpus
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --time=00-01:00:00
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --output=slurm-%j.out
#SBATCH --error=slurm-%j.err

# Automatic selection of ntomp argument based on "-c" (-c, --cpus-per-task=<ncpus>) argument to sbatch

if [ -n "$SLURM_CPUS_PER_TASK" ]; then
  ntomp="$SLURM_CPUS_PER_TASK"
else
  ntomp="1"
fi

echo $ntomp

export OMP_NUM_THREADS=$ntomp


echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF CORES $SLURM_NTASKS"


export SIF=/truba/home/kullanici_adi/gromacs-gpu/gromacs-2021.sif

singularity run --nv $SIF gmx mdrun $ntmpi -ntomp $ntomp -v -s calistiracaginiz_girdi_dosyalari

exit

TRUBA’da GROMACS Programını Palamut-Cuda Kümelerinde GPU Destekli Nasıl Çalıştırılır?

Bir önceki bölümde GROMACS yazılımını palamut-cuda kümelerinde derlemeyi gösterdik. Programın bu kümelerde düzgün çalışabilmesi için aşağıdaki örnek slurm dosyasını kendinize göre uyarlayabilirsiniz.

 #!/bin/bash
 #SBATCH -p palamut-cuda
 #SBATCH -A kullanici_adi
 #SBATCH -J grmx
 #SBATCH -N 1    #number of nodes
 #SBATCH -n 16   #number of cpus
 #SBATCH --gres=gpu:1
 #SBATCH --time=00-01:00:00
 #SBATCH --mail-type=ALL
 #SBATCH --output=slurm-%j.out
 #SBATCH --error=slurm-%j.err

  module purge
  source /truba/sw/centos7.9/comp/intel/oneapi-2021.2/setvars.sh
  module load centos7.9/comp/cmake/3.18.0
  module load centos7.9/comp/gcc/7
  module load centos7.9/lib/cuda/11.4

# Automatic selection of ntomp argument based on "-c" (-c, --cpus-per-task=<ncpus>) argument to sbatch

if [ -n "$SLURM_CPUS_PER_TASK" ]; then
   ntomp="$SLURM_CPUS_PER_TASK"
else
   ntomp="1"
fi

echo $ntomp

export OMP_NUM_THREADS=$ntomp

echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF CORES $SLURM_NTASKS"

GROMACS_DIR=/truba/home/kullanici_adi/gromacs-derleme/gromacs-2021.3

mpirun $GROMACS_DIR/bin/bin/gmx_mpi mdrun $ntmpi -ntomp $ntomp -v -s calistiracaginiz_girdi_dosyalari

exit