ARF’ta GROMACS Programı Nasıl Kullanılır?

ARF kümesindeki sunucularda hali hazırda kurulan olan GROMACS versiyonları için örnek SLURM betik dosyalarına /arf/sw/scripts/gromacs dizini altından erişim sağlayabilirsiniz.

Orfoz hesaplama kümesinde GROMACS 2024.1 versiyonunu kullanarak işinizi çalıştırmak için aşağıdaki betik dosyasını referans alabilirsiniz.

Not

İşlerinizi performanslı bir şekilde çalıştırmak için GROMACS kullanıcı el kitabında belirtildiği gibi ntmpi, ntomp gibi parametreleri kullanmayı test edebilirsiniz:

https://manual.gromacs.org/2024.2/user-guide/mdrun-performance.html

      #!/bin/bash
#SBATCH -p orfoz
#SBATCH -A kullanici_adi
#SBATCH -J jobname
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 55
#SBATCH -c 1
#SBATCH -C weka
#SBATCH --time=3-00:00:00

echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF CORES $SLURM_NTASKS"

module purge
module load apps/gromacs/2024.1-oneapi2024

#BURAYA is calistirma komutunuzu yaziniz

mpirun gmx_mpi mdrun -v -s benchmark.tpr

exit