LAMMPS Kılavuzu
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator), Sandia Ulusal Laboratuvarı’ndaki araştırmacılar tarafından geliştirilen ve malzeme modellemeye odaklanan bir klasik moleküler dinamik kodudur. Bu belge, TRUBA altyapısında LAMMPS programının kullanımı hakkında bilgi vermek için oluşturulmuştur.
Kullanıcılarımız tarafından sıklıkla kullanılan, açık kaynak kodlu olan ve GNU GPL lisansı altında sunulan yazılımlar altyapımızda yer almaktadır. TRUBA’ya terminalden bağlantı sağladıktan sonra barbun1 kullanıcı arayüzünde terminalden
module available
komutunu yazdığınızda TRUBA sisteminde kurulu olan temel programlar listelenecektir. Module isimlendirmesi ile ilgili bilgilere TRUBA Modüller sayfamızdan ulaşabilirsiniz.
TRUBA sisteminde güncel olarak kurulu olan LAMMPS versiyonları aşağıdaki gibidir.
Centos7.3 işletim sistemi olan
barbunhesaplama kümesi için ilgili module ismi:
centos7.3/app/lammps/23Jun2022-impi-oneapi-2022.2-GOLD
centos7.3/app/lammps/23Jun2022-openmpi-4.1.1-oneapi-2021.2-GOLD
Centos7.9 işletim sistemi olan
hamsihesaplama kümesi için ilgili module ismi:
centos7.9/app/lammps/29Sept21-update3-impi-oneapi-2021.2-GOLD
centos7.9/app/lammps/29Sept21-update3-openmpi-4.1.1-oneapi-2021.2-GOLD
İlgili versiyonlar için örnek slurm betik dosyalarına /truba/sw/scripts/lammps klasörü altından ulaşabilirsiniz.
TRUBA sisteminde kurulu olan LAMMPS versiyonları dışında başka bir versiyona ve/veya farklı parametrelerle kuruluma ihtiyacınız söz konusu ise örnek kurulum yönergesine aşağıdaki linkten ulaşabilirsiniz: