TRUBA’da LAMMPS Kurulumu

Barbun Hesaplama Kümesi’nde Kurulum

Kurulumu barbun kuyruğu için optimize bir şekilde kurmak istiyorsanız iki şekilde yapabilirsiniz.

barbun1 kullanıcı arayüzüne bağlanarak kurulum işlemlerinizi başlatabilirsiniz.
Veya srun komutu ile barbun kuyruğundaki 1 tane makineden 4 tane CPU’yu (Barbun kümesindeki CPU kullanımı için bakınız : Barbun) kendi kullanıcınız için interaktif olarak ayırabilirsiniz. Aşağıdaki komutu yazdığınızda bekleme listesine gireceksiniz. Sıranız geldiğinde doğrudan ilgili node’a bağlanacaksınız.

srun -N 1 -A kullaniciadi -p barbun --ntasks-per-node=4 --time=01:00:00 --job-name "lmp install" --pty bash -i

Not

Kurulum için öngördüğünüz süreyi kurallar dahilinde değiştirebilirsiniz. Ayrıntılı bilgi için Kuyruklar (partitions) sayfasını inceleyebilirsiniz.

TRUBA sisteminde genel olarak kurulu olan programlar hakkındaki bilgiye

module available

komutu ile ulaşabilirsiniz. Kullanıcınızda yüklenmiş modülleri

module list

komutu ile listeleyebilirsiniz. Herhangi bir çakışma olmaması açısından öncelikle

module purge

komutu ile kullanıcınızda tanımlı olan tüm modül dosyalarını kaldırmanız önerilmektedir.

Barbun node’unda centos 7.3 işletim sistemi yüklü bulunmaktadır. LAMMPS programını Intel derleyicileri, Intel MKL ve OpenMPI ile kurmak için aşağıdaki gibi uyumlu olan güncel modülleri yükleyebilirsiniz.

module load centos7.3/comp/intel/PS2018-update2
module load centos7.3/lib/openmpi/4.0.1-intel-PS2018

LAMMPS modülü, LAMMPS kullanım kitapçığındaki standart CMake prosedürünü izler. Kurulumu CMake ile yapmak için ilgili modülü yükleyiniz:

module load centos7.3/comp/cmake/3.18.0

Kurulum yapmak istediğiniz klasörün altında LAMMPS için derleme ortamını hazırlayınız:

git clone  -b stable https://github.com/lammps/lammps.git lammps-stable
cd lammps-stable
mkdir build-intel18-openmpi4
cd build-intel18-openmpi4

Bulunduğunuz klasör lammps_stable/build-intel18-openmpi4 olmalı. C/C++ ve Fortran90 derleyicilerin tanımlamalarını yapınız:

export CC=mpicc CXX=mpic++ FC=mpif90

-D PKG_NAME=yes komutu ile kurulmasını istediğiniz paketleri belirtebilirsiniz. Paket ayrıntıları için LAMMPS kullanma kitapçığını inceleyebilirsiniz (https://lammps.sandia.gov/doc/Packages.html).

Örnek olarak aşağıdaki kurulum komutuna MANYBODY, DIPOLE, PHONON, REAXC gibi bazı kullanıcı paketleri eklenmiştir:

cmake ../cmake -D BUILD_MPI=on -D BLAS_LIBRARIES="-L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread -lm -ldl" -D LAPACK_LIBRARIES="-L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread -lm -ldl" -D PKG_BODY=yes -D PKG_CLASS2=yes -D PKG_DIPOLE=yes -D PKG_MANYBODY=yes -D PKG_MC=yes -D PKG_LATTE=yes -D PKG_MLIAP=yes -D PKG_SNAP=yes -D PKG_SPIN=yes -D PKG_PYTHON=yes -D PKG_USER-MOLFILE=yes -D PKG_MOLECULE=yes -D PKG_USER-PHONON=yes -D PKG_USER-REAXC=yes -D PKG_KSPACE=yes -D PKG_USER-MEAMC=yes -D PKG_USER-SMTBQ=yes -D PKG_USER-DIFFRACTION=yes -D FFT=MKL

Not

Özellikle PLUMED ve MSCG paketlerine hesaplamalarınız için ihtiyacınız varsa eğer Conda ile GSL paketini kurmanız gerekmektedir. Conda kurulumu için aşağıdaki linki ziyaret edebilirsiniz:

Anaconda Kullanımı

Conda ile GSL paketini de aşağıdaki komut ile kurabilirsiniz:

conda install -c conda-forge gsl

Daha sonra CMake ile build komutunu çalışarak LAMMPS’i derleyiniz:

cmake --build .

Yukarıdaki kurulum adımları tamamlandığında bulunduğunuz build-intel18-openmpi4 dizininde çalıştırılabilir lmp dosyası yer alacaktır.

Hamsi Hesaplama Kümesi’nde Kurulum

Kurulumu hamsi kuyruğu için optimize bir şekilde kurmak istiyorsanız öncelikle srun komutu ile hamsi kuyruğundaki 1 tane makineden 28 tane CPU’yu (hamsi kümesindeki CPU kullanımı için bakınız: Hamsi) kendi kullanıcınız için interaktif olarak ayırabilirsiniz. Aşağıdaki komutu yazdığınızda bekleme listesine gireceksiniz. Sıranız geldiğinde doğrudan ilgili node’a bağlanacaksınız.

srun -N 1 -A kullaniciadi -p hamsi --ntasks-per-node=28 --time=01:00:00 --job-name "install" --pty bash -i

Not

Süreyi kurallar dahilinde değiştirebilirsiniz. Ayrıntılı bilgi için Kuyruklar (partitions) sayfasını inceleyebilirsiniz.

TRUBA sisteminde genel olarak kurulu olan programlar hakkındaki bilgiye

module available

komutu ile ulaşabilirsiniz. Kullanıcınızda yüklenmiş modülleri

module list

komutu ile listeleyebilirsiniz. Herhangi bir çakışma olmaması açısından öncelikle

module purge

komutu ile kullanıcınızda tanımlı olan tüm modül dosyalarını kaldırmanız önerilmektedir.

Hamsi node’unda centos 7.9 işletim sistemi yüklü bulunmaktadır. Aşağıdaki komutları kullanarak Intel OneAPI’nin güncel versiyonunu yükleyiniz:

source /truba/sw/centos7.9/comp/intel/oneapi-2021.2/setvars.sh

LAMMPS modülü, LAMMPS kullanım kitapçığındaki standart CMake prosedürünü izler. Kurulumu CMake ile yapmak için ilgili modülü yükleyiniz:

module load centos7.9/comp/cmake/3.18.0

Kurulum yapmak istediğiniz klasörün altında LAMMPS için derleme ortamını hazırlayınız:

git clone  -b stable https://github.com/lammps/lammps.git lammps-stable
cd lammps-stable
mkdir build-oneapi21-impi
cd build-oneapi21-impi

Not

Eğer kurulumu OpenMPI ile yapmak isterseniz Intel OneAPI ile uyumlu OpenMPI kütüphanesini de yüklemeniz gerekmektedir. OpenMPI ile kurulum için dilerseniz build-oneapi21-openmpi4-1 isimli bir klasör açıp kurulum işlemlerine bu klasörde devam edebilirsiniz.

module load centos7.9/lib/openmpi/4.1.1-intelOneApi-2021.2

Bulunduğunuz klasör lammps_stable/build-oneapi21-impi olmalı. Intel C/C++ ve Fortran derleyicilerin tanımlamalarını yapınız:

export CC=mpiicc CXX=mpiicpc FC=mpiifort