TRUBA’da LAMMPS Kullanımı

TRUBA sisteminde hali hazırda kurulan olan LAMMPS versiyonları için örnek SLURM betik dosyalarına /truba/sw/scripts/lammps dizini altından erişim sağlayabilirsiniz.

Bir önceki adımda anlatıldığı gibi (LAMMPS kurulumu) kendi kullanıcınıza kurduğunuz LAMMPS programını TRUBA sisteminde çalıştırmak için örnek iş betiği dosyası aşağıdaki gibidir:

LAMMPS_run.slurm

#!/bin/bash
#SBATCH -p mid2
#SBATCH -A accountname
#SBATCH -J lammps-test
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 20
#SBATCH --time=03:00:00
#SBATCH --output=slurm-%j.out
#SBATCH --error=slurm-%j.err


echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF CORES $SLURM_NTASKS"

export OMP_NUM_THREADS=1

module load centos7.3/comp/intel/PS2018-update2
module load centos7.3/lib/openmpi/4.0.1-intel-PS2018

LAMMPS_DIR=/truba/home/username/lammps-stable/build-intel18-openmpi4/bin

mpirun  $LAMMPS_DIR/lmp  < in.lammpsinputfile > lammps-outputfile.out

exit

• İlgili Slurm dosyasını indirmek için tıklayınız...

Çalıştığınız klasör içerisinde yukarıdaki betik dosyasını düzenleyip oluşturduktan sonra aşağıdaki adıma geçebilirsiniz.

sbatch LAMMPS_run.slurm

Komutu ile TRUBA sistemine işinizi gönderebilirsiniz.