TRUBA’da Quantum Espresso Kurulumu
Barbun Hesaplama Kümesi’nde Kurulum
Quantum Espresso programını derlemek için bir klasör oluşturup ilgili klasöre gidiniz. Kullanmak istediğiniz versiyon için kurulum dosyalarını QE GitHub sayfasından edinebilirsiniz ve bulunduğunuz dizine wget komutu ile indirebilirsiniz. Aşağıdaki komut bloğunda QE6.7 versiyonu için olan link belirtilmiştir.
mkdir espresso
cd espresso
wget https://github.com/QEF/q-e/archive/refs/tags/qe-6.7.0.tar.gz
Sıkıştırılmış arşiv dosyalarını açınız ve kurulum dosyalarının olduğu ilgili klasöre gidiniz.
tar -xzvf qe-6.7.0.tar.gz
cd q-e-qe-6.7.0
Kurulumu barbun kuyruğu için optimize bir şekilde kurmak istiyorsanız öncelikle srun komutu ile barbun kuyruğundaki 1 tane makineden 4 tane CPU’yu (Barbun kümesindeki CPU kullanımı için bakınız: Barbun) kendi kullanıcınız için interaktif olarak ayırabilirsiniz. Aşağıdaki komutu yazdığınızda bekleme listesine gireceksiniz. Sıranız geldiğinde doğrudan ilgili node’a bağlanacaksınız.
srun -N 1 -A kullaniciadi -p barbun --ntasks-per-node=4 --time=01:00:00 --job-name "qe-install" --pty bash -i
Not
Kurulum için öngördüğünüz süreyi kurallar dahilinde değiştirebilirsiniz. Ayrıntılı bilgi için Kuyruklar (partitions) sayfasını inceleyebilirsiniz.
TRUBA sisteminde genel olarak kurulu olan programlar hakkındaki bilgiye
module available
komutu ile ulaşabilirsiniz. Barbun node’unda centos 7.3 işletim sistemi yüklü bulunmaktadır.
Kullanıcınızda yüklenmiş modülleri
module list
komutu ile listeleyebilirsiniz. Herhangi bir çakışma olmaması açısından öncelikle
module purge
komutu ile kullanıcınızda tanımlı olan tüm modül dosyalarını kaldırmanız önerilmektedir.
Intel Derleyicileri, Intel MKL ve Intel MPI ile Kurulum
Quantum Espresso programını Intel derleyicileri, Intel MKL ve Intel MPI ile kurmak için Intel Parallel Studio modülünü aşağıdaki komut ile yükleyebilirsiniz.
module load centos7.3/comp/intel/PS2018-update2
Kullanacağınız hesaplama kümesinin (bakınız Hesaplama Kümeleri) Intel işlemcilerine has özelliklerini kullanarak hızlandırma için -xHost parametresini ekleyiniz.
Uyarı
-xHost ile derlediğiniz program derleme sırasında kullandığınız işlemciden farklı işlemcilerde daha yavaş çalışabilir veya hiç çalışmayabilir
Intel derleyicilerinin kullanılmasını sağlamak için gerekli shell parametrelerini aşağıdaki örnek derleme komutunda gösterildiği gibi satır içi de girebilirsiniz. Kurulumu gerçekleştireceğiniz klasörü de --prefix parametresi ile belirtebilirsiniz.
FLAGS="-xHost"; CFLAGS=$FLAGS CXXFLAGS=$FLAGS MPIF90=mpiifort CC=mpiicc CXX=mpiicpc ./configure --prefix=/truba/home/username/espresso/q-e-qe-6.7.0 --enable-shared=no
Configure adımından sonra make.inc dosyasını vim veya nano ile açarak kütüphanelerle ilgili kontroller yapılmalıdır. Yukarıda belirtilen kurulum konfigürasyonu için örnek make.inc dosyasına aşağıdaki link aracılığıyla ulaşabilirsiniz.
Gerekli kontrolleri yaptıktan sonra make all ve make install komutları ile Quantum Espresso’yu derleyiniz:
make all
make install
Uyarı
make all komutu Quantum Espresso programının sağladığı tüm executable dosyaların oluşturulmasını sağlar (pw.x, ph.x, bands.x, vb.). Eğer sadece belirli executable dosyalara ihtiyacınız varsa make all komutu yerine ilgili executable’ı belirterek, örneğin make pw, kurulumu özelleştirebilirsiniz ve böylece programın derlenmesi daha kısa sürede tamamlanacaktır.
Yukarıdaki kurulum adımları tamamlandığında bulunduğunuz q-e-qe-6.7.0 dizininde bin klasörü altında çalıştırılabilir dosyalar yer alacaktır.
Not
bin klasörünün ismini yaptığınız kurulum konfigürasyonu için hatırlatıcı/bilgi verici olması açısından özelleştirebilirsiniz:
mv bin bin-barbun-impi-intel18
Intel Derleyicileri, Intel MKL ve Open MPI ile Kurulum
Quantum Espresso programını Intel derleyicileri, Intel MKL ve OpenMPI ile kurmak için Intel Parallel Studio ve uyumlu OpenMPI modülünü aşağıdaki komutlar ile yükleyebilirsiniz. Herhangi bir çakışma olmaması açısından öncelikle tanımlı olan tüm modül dosyalarını kaldırmanız önerilmektedir.
module purge
module load centos7.3/comp/intel/PS2018-update2
module load centos7.3/lib/openmpi/4.0.1-intel-PS2018
Kullanacağınız hesaplama kümesinin (bakınız Hesaplama Kümeleri) Intel işlemcilerine has özelliklerini kullanarak hızlandırma için -xHost parametresini ekleyiniz.
Uyarı
-xHost ile derlediğiniz program derleme sırasında kullandığınız işlemciden farklı işlemcilerde daha yavaş çalışabilir veya hiç çalışmayabilir.
Intel derleyicilerinin kullanılmasını sağlamak için gerekli shell parametrelerini aşağıdaki örnek derleme komutunda gösterildiği gibi satır içi de girebilirsiniz. Kurulumu gerçekleştireceğiniz klasörü de --prefix parametresi ile belirtebilirsiniz.
FLAGS="-xHost"; CFLAGS=$FLAGS CXXFLAGS=$FLAGS MPIF90=mpif90 CC=mpicc CXX=mpic++ ./configure --prefix=/truba/home/username/espresso/q-e-qe-6.7.0 --enable-shared=no
Configure adımından sonra make.inc dosyasını vim veya nano ile açarak kütüphanelerle ilgili kontroller yapılmalıdır. Yukarıda belirtilen kurulum konfigürasyonu için örnek make.inc dosyasına aşağıdaki link aracılığıyla ulaşabilirsiniz.
Gerekli kontrolleri yaptıktan sonra make all ve make install komutları ile Quantum Espresso’yu derleyiniz:
make all
make install
Uyarı
make all komutu Quantum Espresso programının sağladığı tüm executable dosyaların oluşturulmasını sağlar (pw.x, ph.x, bands.x, vb.). Eğer sadece belirli executable dosyalara ihtiyacınız varsa make all komutu yerine ilgili executable’ı belirterek, örneğin make pw, kurulumu özelleştirebilirsiniz ve böylece programın derlenmesi daha kısa sürede tamamlanacaktır.
Yukarıdaki kurulum adımları tamamlandığında bulunduğunuz q-e-qe-6.7.0 dizininde bin klasörü altında çalıştırılabilir dosyalar yer alacaktır.
Not
bin klasörünün ismini yaptığınız kurulum konfigürasyonu için hatırlatıcı/bilgi verici olması açısından özelleştirebilirsiniz:
mv bin bin-barbun-openmpi4-intel18
Hamsi Hesaplama Kümesi’nde Kurulum
Quantum Espresso programını derlemek için bir klasör oluşturup ilgili klasöre gidiniz. Kullanmak istediğiniz versiyon için kurulum dosyalarını QE GitHub sayfasından edinebilirsiniz ve bulunduğunuz dizine wget komutu ile indirebilirsiniz. Aşağıdaki komut bloğunda QE6.7 versiyonu için ola link belirtilmiştir.
mkdir espresso
cd espresso
wget https://github.com/QEF/q-e/archive/refs/tags/qe-6.7.0.tar.gz
Sıkıştırılmış arşiv dosyalarını açınız ve kurulum dosyalarının olduğu ilgili klasöre gidiniz.
tar -xzvf qe-6.7.0.tar.gz
cd q-e-qe-6.7.0
Kurulumu hamsi kuyruğu için optimize bir şekilde kurmak istiyorsanız öncelikle srun komutu ile hamsi kuyruğundaki 1 tane makineden 28 tane CPU’yu (Hamsi kümesindeki CPU kullanımı için bakınız: Hamsi) kendi kullanıcınız için interaktif olarak ayırabilirsiniz. Aşağıdaki komutu yazdığınızda bekleme listesine gireceksiniz. Sıranız geldiğinde doğrudan ilgili node’a bağlanacaksınız.
srun -N 1 -A kullaniciadi -p hamsi --ntasks-per-node=28 --time=01:00:00 --job-name "qe-install" --pty bash -i
Not
Kurulum için öngördüğünüz süreyi kurallar dahilinde değiştirebilirsiniz. Ayrıntılı bilgi için Kuyruklar (partitions) sayfasını inceleyebilirsiniz.
TRUBA sisteminde genel olarak kurulu olan programlar hakkındaki bilgiye
module available
komutu ile ulaşabilirsiniz. Hamsi node’unda centos 7.9 işletim sistemi yüklü bulunmaktadır. Kullanıcınızda yüklenmiş modülleri
module list
komutu ile listeleyebilirsiniz.
Intel Derleyicileri, Intel MKL ve Intel MPI ile Kurulum
Quantum Espresso programını Intel derleyicileri, Intel MKL ve Intel MPI ile kurmak için Intel OneAPI modülünü aşağıdaki komutlar ile yükleyebilirsiniz. Herhangi bir çakışma olmaması açısından öncelikle tanımlı olan tüm modül dosyalarını kaldırmanız önerilmektedir.
module purge
source /truba/sw/centos7.9/comp/intel/oneapi-2021.2/setvars.sh
Kullanacağınız hesaplama kümesinin (bakınız Hesaplama Kümeleri) Intel işlemcilerine has özelliklerini kullanarak hızlandırma için -xHost parametresini ekleyiniz.
Uyarı
-xHost ile derlediğiniz program derleme sırasında kullandığınız işlemciden farklı işlemcilerde daha yavaş çalışabilir veya hiç çalışmayabilir.
Intel derleyicilerinin kullanılmasını sağlamak için gerekli shell parametrelerini aşağıdaki örnek derleme komutunda gösterildiği gibi satır içi de girebilirsiniz. Kurulumu gerçekleştireceğiniz klasörü de --prefix parametresi ile belirtebilirsiniz.
FLAGS="-xHost"; CFLAGS=$FLAGS CXXFLAGS=$FLAGS MPIF90=mpiifort CC=mpiicc CXX=mpiicpc ./configure --prefix=/truba/home/username/espresso/q-e-qe-6.7.0 --enable-shared=no
Configure adımından sonra make.inc dosyasını vim veya nano ile açarak kütüphanelerle ilgili kontroller yapılmalıdır. Yukarıda belirtilen kurulum konfigürasyonu için örnek make.inc dosyasına aşağıdaki link aracılığıyla ulaşabilirsiniz.
Gerekli kontrolleri yaptıktan sonra make all ve make install komutları ile Quantum Espresso’yu derleyiniz:
make all
make install
Uyarı
make all komutu Quantum Espresso programının sağladığı tüm executable dosyaların oluşturulmasını sağlar (pw.x, ph.x, bands.x, vb.). Eğer sadece belirli executable dosyalara ihtiyacınız varsa make all komutu yerine ilgili executable’ı belirterek, örneğin make pw, kurulumu özelleştirebilirsiniz ve böylece programın derlenmesi daha kısa sürede tamamlanacaktır.
Yukarıdaki kurulum adımları tamamlandığında bulunduğunuz q-e-qe-6.7.0 dizininde bin klasörü altında çalıştırılabilir dosyalar yer alacaktır.
Not
bin klasörünün ismini yaptığınız kurulum konfigürasyonu için hatırlatıcı/bilgi verici olması açısından özelleştirebilirsiniz:
mv bin bin-hamsi-impi-oneapi
Intel Derleyicileri, Intel MKL ve Open MPI ile Kurulum
Quantum Espresso programını Intel derleyicileri, Intel MKL ve OpenMPI ile kurmak için Intel OneAPI modülünü ve uyumlu olan OpenMPI modülünü aşağıdaki komutlar ile yükleyebilirsiniz. Herhangi bir çakışma olmaması açısından öncelikle tanımlı olan tüm modül dosyalarını kaldırmanız önerilmektedir.
module purge
source /truba/sw/centos7.9/comp/intel/oneapi-2021.2/setvars.sh
module load centos7.9/lib/openmpi/4.1.1-intel-oneapi-2021.2
Kullanacağınız hesaplama kümesinin (bakınız Hesaplama Kümeleri) Intel işlemcilerine has özelliklerini kullanarak hızlandırma için -xHost parametresini ekleyiniz.
Uyarı
-xHost ile derlediğiniz program derleme sırasında kullandığınız işlemciden farklı işlemcilerde daha yavaş çalışabilir veya hiç çalışmayabilir.
Intel derleyicilerinin kullanılmasını sağlamak için gerekli shell parametrelerini aşağıdaki örnek derleme komutunda gösterildiği gibi satır içi de girebilirsiniz. Kurulumu gerçekleştireceğiniz klasörü de --prefix parametresi ile belirtebilirsiniz.
FLAGS="-xHost"; CFLAGS=$FLAGS CXXFLAGS=$FLAGS MPIF90=mpif90 CC=mpicc CXX=mpic++ ./configure --prefix=/truba/home/username/espresso/q-e-qe-6.7.0 --enable-shared=no
Configure adımından sonra make.inc dosyasını vim veya nano ile açarak kütüphanelerle ilgili kontroller yapılmalıdır.
Gerekli kontrolleri yaptıktan sonra make all ve make install komutları ile Quantum Espresso’yu derleyiniz:
make all
make install
Uyarı
make all komutu Quantum Espresso programının sağladığı tüm executable dosyaların oluşturulmasını sağlar (pw.x, ph.x, bands.x, vb.). Eğer sadece belirli executable dosyalara ihtiyacınız varsa make all komutu yerine ilgili executable’ı belirterek, örneğin make pw, kurulumu özelleştirebilirsiniz ve böylece programın derlenmesi daha kısa sürede tamamlanacaktır.
Yukarıdaki kurulum adımları tamamlandığında bulunduğunuz q-e-qe-6.7.0 dizininde bin klasörü altında çalıştırılabilir dosyalar yer alacaktır.
Not
bin klasörünün ismini yaptığınız kurulum konfigürasyonu için hatırlatıcı/bilgi verici olması açısından özelleştirebilirsiniz:
mv bin bin-hamsi-openmpi-oneapi