TRUBA’da VASP Kullanımı
Bir önceki adımda VASP programının kendi ev dizinize nasıl kurulacağı anlatıldı. Bu bölümde bu uygulamanın yine kendi dizininizde çalıştırabilmeniz için örnek bir iş betiği oluşturulacaktır. vasp_run.slurm olarak isimlendirilen iş betiği dosyasının içine istediğiniz bir editör kullanarak girip gerekli değişiklikleri kolayca yapabilirsiniz. İş betikleri oluşturulurken iki önemli husus vardır. Programı hangi modulleri kullanarak derlediyseniz, o modüllerin isimleri iş betiği dosyanızda olması gerekmektedir. İş betiği ile ilgili ayrıntılara Kaynak Yöneticisi ve İş Döngüsü sayfasından ulaşabilirsiniz.
Barbun kümeleri için VASP SLURM Dosyası Örneği
#!/bin/bash
#SBATCH -p mid2
#SBATCH -A kullanici_adi
#SBATCH -J vasp-test
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 20
#SBATCH --time=03:00:00
#SBATCH --output=slurm-%j.out
#SBATCH --error=slurm-%j.err
# Compiler Links
module load centos7.3/comp/intel/PS2018-update2
module load centos7.3/lib/openmpi/4.0.1-intel-PS2018
export OMP_NUM_THREADS=1
echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF CORES $SLURM_NTASKS"
ulimit -s unlimited
mpirun /truba/home/kullanici_adi/derleme/vasp.6.2.0/bin/vasp_std> vasp.out
exit
Bu komut dosyası, toplam 20 çekirdek için her biri 20 çekirdekli 1 sunucu ayırır. İşlerinizin büyüklüğüne göre bu sayıları değiştirebilirsiniz. VASP programının hangi versiyonunda derlediğinize bağlı olarak kaynak dosyalarının isimleri değişecektir. Programı çalıştırmak için gerekli satırları düzenledikten sonra aşağıdaki komutu terminalize yazarak işinizi TRUBA sistemine gönderebilirsiniz..
sbatch vasp_run.slurm
Hamsi kümeleri için VASP SLURM Dosyası Örneği
#!/bin/bash
#SBATCH -p hamsi
#SBATCH -A kullanici_adi
#SBATCH -J vasp-test
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 28
#SBATCH --time=03:00:00
#SBATCH --output=slurm-%j.out
#SBATCH --error=slurm-%j.err
# Compiler Links
source /truba/sw/centos7.9/comp/intel/oneapi-2021.2/setvars.sh
export OMP_NUM_THREADS=1
echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
echo "NUMBER OF CORES $SLURM_NTASKS"
ulimit -s unlimited
mpirun /truba/home/kullanici_adi/derleme/vasp.6.2.0/bin/vasp_std> vasp.out
exit
VASP SLURM Dosyası Örneği
#!/bin/bash
#SBATCH -p mid2
#SBATCH -A accountname
#SBATCH -J vasp-test
#SBATCH -N 2
#SBATCH -n 20
#SBATCH --time=03:00:00
#SBATCH --output=slurm-%j.out
#SBATCH --error=slurm-%j.err
#echo "SLURM_NODELIST $SLURM_NODELIST"
#echo "NUMBER OF CORES $SLURM_NTASKS"
#export OMP_NUM_THREADS=1
source /truba/sw/centos7.3/comp/intel/PS2018-update2/bin/compilervars.sh intel64
module load centos7.3/comp/intel/PS2018-update2
VASP_DIR=/truba/home/username/vasp/vasp.5.4.1/bin
mpirun $VASP_DIR/vasp_std
exit
Bu komut dosyası, toplam 40 çekirdek için her biri 20 çekirdekli 2 sunucu ayırır. İşlerinizin büyüklüğüne göre bu sayıları değiştirebilirsiniz. VASP programının hangi versiyonunda derlediğinize bağlı olarak kaynak dosyalarının isimleri değişecektir. Programı çalıştırmak için gerekli satırları düzenledikten sonra aşağıdaki komutu terminalinize yazarak işinizi TRUBA sistemine gönderebilirsiniz.
sbatch vasp_run.slurm