TRUBA’da VASP Kurulumu

Barbun Sunucularında VASP Programının Intel Derleyiciler ve OpenMPI ile Derlenmesi

VASP programının 6.2.0 versiyonunun TRUBA sisteminde derlenmesi için gerekli adımlar aşağıda verilmiştir. Siz de bu adımları takip ederek VASP kurulumunu kendi dizinizde kurabilirsiniz.

1. Öncelikle VASP programını derlemek için gerekli ortam hazılanır. derleme adında bir klasör oluşturulup gerekli dosyalar buraya kopyalanır.

$>mkdir derleme
 $> cp vasp.6.2.0.tar.gz derleme/
 $> cd derleme

2. Sıkıştırılmış arşiv dosyaları açılır.

$>tar -zxvf vasp.6.2.0.tar.gz

3. VASP programını barbun kümelerinde derlemek için, bu sunuculardan srun komutu ile boş sunucu isteği yapmanız gerekmektedir.

Aşağıdaki komut satırını kendi terminalizde uyguladığınızda boş işlemci için sıraya gireceksiniz.

srun -N 1 -A kullanıcıadı -p barbun -n 4 --time=02:00:00 --job-name "install-gromacs" --pty bash -i

4. Intel Parallel Studio’nun güncel versiyonu load edilir. Program barbun sunucuları üzerinden derlendiği için centos7.3’ ün modulleri load edilir.

$>module load centos7.3/comp/intel/PS2018-update2
$>module load centos7.3/lib/openmpi/4.0.1-intel-PS2018

5. Program openmpi ile derleneceği için, verilen adresteki /truba/home/kullanici_adi/derleme/vasp.6.2.0/arch/ makefile.include.linux_intel_omp dosyayı bu adrese kopyalayınız /truba/home/kullanici_adi/derleme/vasp.6.2.0. Bu işlemden sonra kopyalanan dosyanın ismi, makefile.include olarak değiştiriniz. Bu işlemlerin hepsi aşağıda komut satırı olarak verilmiştir.

$>cp /truba/home/kullanici_adi/derleme/vasp.6.2.0/arch/makefile.include.linux_intel_omp /truba/home/kullanici_adi/derleme/vasp.6.2.0/
$>mv makefile.include.linux_intel_omp makefile.include

6. Bütün bu işlemlerden sonra make komutu kullanarak derleme işlemine geçilir. Derleme uzun sürecektir. Derleme sırasında birden fazla çekirdek kullanmak için make -j 8 komutunu kullanabilirsiniz.

$>make -j 8

Derleme sırasında bin ve build dizinleri kullanılmış olacaktır. Farklı parametrelerle farklı derlemeler yapabilmek için bin dizini farklı adla kayıt edilip, dizinler silinerek yeniden oluşturulmalıdır.

$> cp -r bin bin-derleme1
$> rm -rf bin build
$> mkdir bin build

Hamsi Sunucularında VASP Programının Intel Derleyiciler ile Kurulması

VASP programının 6.2.0 versiyonunun TRUBA sisteminde derlenmesi için gerekli adımlar aşağıda verilmiştir. Siz de bu adımları takip ederek VASP kurulumunu kendi dizinizde kurabilirsiniz.

1. Öncelikle VASP programını derlemek için gerekli ortam hazılanır. derleme adında bir klasör oluşrurulup gerekli dosyalar buraya kopyalanır.

$>mkdir derleme
 $> cp vasp.6.2.0.tar.gz derleme/
 $> cd derleme

2. Sıkıştırılmış arşiv dosyaları açılır.

$>tar -zxvf vasp.6.2.0.tar.gz

3. VASP programını hamsi kümelerinde derlemek için, bu sunuculardan srun komutu ile boş sunucu isteği yapmanız gerekmektedir. Aşağıdaki komut satırını kendi terminalizde uyguladığınızda boş işlemci için sıraya gireceksiniz.

srun -N 1 -A kullaniciadi -p hamsi --ntasks-per-node=28 --time=01:00:00  --job-name "install-vasp" --pty bash -i

4. Intel Parallel Studio’nun güncel versiyonu load edilir. Program hamsi sunucuları üzerinden derlendiği için centos7.3’ ün modulleri load edilir.

$>source /truba/sw/centos7.9/comp/intel/oneapi-2021.2/setvars.sh

5. Program openmpi ile derleneceği için, verilen adresteki /truba/home/kullanici_adi/derleme/vasp.6.2.0/arch/ makefile.include.linux_intel_omp dosyayı bu adrese kopyalayınız /truba/home/kullanici_adi/derleme/vasp.6.2.0. Bu işlemden sonra kopyalanan dosyanın ismi, makefile.include olarak değiştiriniz. Bu işlemlerin hepsi aşağıda komut satırı olarak verilmiştir.

$>cp /truba/home/kullanici_adi/derleme/vasp.6.2.0/arch/makefile.include.linux_intel_omp /truba/home/kullanici_adi/derleme/vasp.6.2.0/
$>mv makefile.include.linux_intel_omp makefile.include

6. Bütün bu işlemlerden sonra make komutu kullanarak derleme işlemine geçilir. Derleme uzun sürecektir. Derleme sırasında birden fazla çekirdek kullanmak için make -j 8 komutunu kullanabilirsiniz.

$>make -j 8

Derleme sırasında bin ve build dizinleri kullanılmış olacaktır. Farklı parametrelerle farklı derlemeler yapabilmek için bin dizini farklı adla kayıt edilip, dizinler silinerek yeniden oluşturulmalıdır.

$> cp -r bin bin-derleme1
$> rm -rf bin build
$> mkdir bin build