Uygulama Kılavuzları

• TRUBA’da Uygulama/Kütüphane Kurulumu
• Python Kılavuzu
  • Anaconda Kullanımı
    • Merkezi Anaconda Kullanımı
    • Özel python paket kurulumu
      • Anaconda Sanal Ortamı Kullanılan Uygulamalar
  • Jupyter Notebook ile Çalışma
    • Open OnDemand Arayüzünde Jupyter Kullanmak için Anaconda Yapılandırması
    • Jupyter ile R kernel kullanma
      • Farklı sanal ortamdaki Kernel’ı kullanma
• GPU Kılavuzu
  • GPU Kaynağı Talep Etme
  • GPU Kullanımı için Hazırlanan Diğer Kılavuzlar
    • Derin Öğrenme Kılavuzu
      • Sanal Ortam Kullanarak Çalışma
        • Kütüphanelerin Kurulumu
        • sbatch Kullanarak Kuyruğa İş Gönderme
      • Container Kullanarak Çalışma
        • sbatch Kullanarak Kuyruğa İş Gönderme
      • Horovod Kılavuzu
        • Conda Sanal Ortamı Kullanarak Çalışma
          • Kütüphanelerin Kurulumu
          • Kurulumun Test Edilmesi
          • sbatch Kullanarak Kuyruğa İş Gönderme
            • Tek sunucu, çok sayıda GPU
            • 4 sunucu, çok sayıda GPU
    • GROMACS Programının GPU Destekli Derlenmesi
      • Singularity Container Kullanarak GROMACS Kullanımı
      • GROMACS Programının Palamut-Cuda Kümelerinde Derlenmesi
    • LAMMPS Programının GPU Destekli Derlenmesi
      • Singularity Container Kullanarak LAMMPS Kullanımı
      • LAMMPS Programının Palamut-Cuda Kümelerinde Derlenmesi
• Derin Öğrenme Kılavuzu
  • Sanal Ortam Kullanarak Çalışma
    • Kütüphanelerin Kurulumu
    • sbatch Kullanarak Kuyruğa İş Gönderme
  • Container Kullanarak Çalışma
    • sbatch Kullanarak Kuyruğa İş Gönderme
  • Horovod Kılavuzu
    • Conda Sanal Ortamı Kullanarak Çalışma
      • Kütüphanelerin Kurulumu
      • Kurulumun Test Edilmesi
      • sbatch Kullanarak Kuyruğa İş Gönderme
        • Tek sunucu, çok sayıda GPU
        • 4 sunucu, çok sayıda GPU
• Veri Analitiği Kılavuzu
  • Apache Spark Kılavuzu
    • Apache Spark’ın indirilmesi ve yapılandırılması
    • Conda sanal ortamı kullanarak çalışma
      • Kütüphanelerin Kurulumu
      • sbatch kullanarak Spark kümesine iş gönderme
        • Spark kümesi başlatma ve master düğüm arayüzüne bağlanma
        • sbatch kodunda Spark kümesine iş gönderme
          • Örnek: Pi sayısı hesaplama
          • Örnek: Temel SQL özelliklerini kullanma
        • --executor-memory opsiyonu
• Amber Kılavuzu
  • TRUBA’da Amber Kurulumu
    • Barbun Hesaplama Kümesinde Kurulum
      • Seri Kurulum
      • OpenMP ile Kurulum
      • MPI ile Kurulum
      • CUDA ile Kurulum
      • CUDA ve MPI ile Kurulum
  • Amber SLURM Dosyası
    • Amber_mpi.slurm
    • Amber_CudaMPI.slurm
• GROMACS Kılavuzu
  • TRUBA’da GROMACS Kurulumu
    • Hamsi Sunucularında GROMACS Programının GNU Derleyicileri ve OpenMPI İle Kurulması
    • Barbun Sunucularında GROMACS Programının GNU Derleyicileri ve OPEN MPI ile Kurulması
  • TRUBA’da GROMACS’in İnteraktif Kullanımı (Pre-process işlemi için)
  • GROMACS Programının GPU Destekli Derlenmesi
    • Singularity Container Kullanarak GROMACS Kullanımı
    • GROMACS Programının Palamut-Cuda Kümelerinde Derlenmesi
  • TRUBA’da GROMACS Programı Nasıl Kullanılır?
    • TRUBA’da GROMACS Programını Singularity Container Kullanarak GPU Destekli Nasıl Çalıştırılır?
    • TRUBA’da GROMACS Programını Palamut-Cuda Kümelerinde GPU Destekli Nasıl Çalıştırılır?
• LAMMPS Kılavuzu
  • TRUBA’da LAMMPS Kurulumu
    • Barbun Hesaplama Kümesi’nde Kurulum
    • Hamsi Hesaplama Kümesi’nde Kurulum
  • LAMMPS Programının GPU Destekli Derlenmesi
    • Singularity Container Kullanarak LAMMPS Kullanımı
    • LAMMPS Programının Palamut-Cuda Kümelerinde Derlenmesi
  • TRUBA’da LAMMPS Kullanımı
    • LAMMPS_run.slurm
  • Yerel Bilgisayara LAMMPS Kurulumu
    • Debian/Ubuntu Linux için:
      • 1- Ön Hazırlık
      • 2- LAMMPS’ın İndirilmesi
      • 3- LAMMPS’in Derlenmesi
    • Windows 10 için:
• VASP Kılavuzu
  • TRUBA’da VASP Kurulumu
    • Barbun Sunucularında VASP Programının Intel Derleyiciler ve OpenMPI ile Derlenmesi
    • Hamsi Sunucularında VASP Programının Intel Derleyiciler ile Kurulması
  • TRUBA’da VASP Kullanımı
    • Barbun kümeleri için VASP SLURM Dosyası Örneği
    • Hamsi kümeleri için VASP SLURM Dosyası Örneği
    • VASP SLURM Dosyası Örneği
• Quantum Espresso Kılavuzu
  • TRUBA’da Quantum Espresso Kurulumu
    • Barbun Hesaplama Kümesi’nde Kurulum
      • Intel Derleyicileri, Intel MKL ve Intel MPI ile Kurulum
      • Intel Derleyicileri, Intel MKL ve Open MPI ile Kurulum
    • Hamsi Hesaplama Kümesi’nde Kurulum
      • Intel Derleyicileri, Intel MKL ve Intel MPI ile Kurulum
      • Intel Derleyicileri, Intel MKL ve Open MPI ile Kurulum
  • TRUBA’da Quantum Espresso Kullanımı
    • Barbun Hesaplama Kümesi için Örnek Slurm Dosyası
    • Hamsi Hesaplama Kümesi için Örnek Slurm Dosyası
• Gaussian Kılavuzu
  • Gaussian Programı Hakkında Genel Bilgi
    • Gaussian16 & GaussView 6 & TCP Linda Programlarına Erişim
    • Access to Gaussian16 & GaussView 6 & TCP Linda Programs
    • ARF Hesaplama Kümesinde GaussView 6 Programının Kullanılması
    • ARF Hesaplama Kümesinde Gaussian 16 Programının Kulanılması
      • SLURM Betik Dosyasının Oluşturulması
        • Orfoz kümesi için örnek SLURM betik dosyası
          • gaussian16-orfoz.slurm
    • TRUBA’da Gaussian Programının Kurulumu
      • Uygulanacak adımlar:
      • .bashrc Dosyasının Oluşturulması
      • SLURM Betik Dosyasının Oluşturulması
        • Barbun kümesi için örnek SLURM betik dosyası
          • Gaussian09-barbun.slurm
        • Hamsi kümesi için örnek SLURM betik dosyası
• CASTEP Kılavuzu
  • TRUBA’da CASTEP Kurulumu
    • Barbun Hesaplama Kümesi’nde Kurulum
  • TRUBA’da CASTEP Kullanımı
    • CASTEP SLURM Dosyası Örneği
• MATLAB Kılavuzu
  • TRUBA’da MATLAB Kullanımı
    • Akademik (TAH: Total Academic Headcount) Lisansı Olan Kullanıcılar
      • Kişisel Bilgisayarınızda MATLAB Çalıştırırak TRUBA’ya İş Göndermek
        • Hesap ve kuyruk parametrelerinin yapılandırması
        • Örnek 1: Dahili komutlar ya da fonksiyonlar
        • Örnek 2: *.m dosyaları
        • Örnek 3: Lokal dosyadan veri okumak ve sonuçları merkezi dizinde dosyaya yazmak
        • Örnek 4: Paralel iş çalıştırma (paralel for, MPI)
      • Barbun1 üzerinde MATLAB çalıştırarak TRUBA’ya iş göndermek
    • Kayar (Floating) Lisansı Olan Kullanıcılar
    • Ek Notlar
• Snakemake Kılavuzu
  • İÇERİK
  • GİRİŞ
  • Uygulama 1: Yüksek Başarımlı Hesaplama (YBH) kümesinde örnek iş koşturma
    • Amaç:
    • Kaynak:
    • Bilgi:
      • YBH Temel Bileşenleri
      • İşin (Run) Özellikleri
    • Dosyalar ve Komutlar:
    • Uyarılar:
  • Uygulama 2: Ardışık hesaplamanın yapıldığı örnek iş koşturma
    • Amaç:
    • Kaynak:
    • Bilgi:
    • Dosyalar ve Komutlar:
    • Uyarilar:
  • Uygulama 3: Ardışık hesaplamalarda ölçeklenebilirlik
    • Amaç:
    • Kaynak:
    • Bilgi:
    • Dosyalar ve Komutlar:
    • Uyarilar:
  • Uygulama 4: Tek hesaplı basit iş akışı örneği (Snakemake)
    • Amaç:
    • Kaynak:
    • Bilgi:
    • Dosyalar ve Komutlar:
    • Uyarilar:
  • Uygulama 5: Çok hesaplı iş akışı örneği (Snakemake ve Conda)
    • Amaç:
    • Kaynak:
    • Bilgi:
    • Dosyalar ve Komutlar:
    • Uyarilar:
  • Uygulama 6: Snakemake ile gerçek uygulama – Phylogeny
    • Amaç:
    • Kaynak:
    • Bilgi:
    • Dosyalar ve Komutlar:
  • SONUÇ
• CVMFS Kullanımı
• R Kılavuzu
  • R
    • TRUBA’da R Modülleri
    • R paketi kurulum
      • HPC Paketler
    • Terminalde R ile çalışmak
    • R, SLURM ve Paralelleştirme
      • OpenMP-Üstü Kapalı paralellik
      • Paketler ile açık paralellik
    • İş dizileri (job array)
    • Benchmark Sonuçları
    • İşlerin Takibi
    • Sorunlar ve Çözümler
  • RStudio Kılavuzu
    • Open OnDemand ile RStudio
    • Farklı RStudio versiyonu kullanma
      • Conda Platformu
      • TRUBA-DESKTOP
    • Yüksek performanslı işlerin yapılması
• Apptainer Kılavuzu
  • Apptainer
    • Giriş
    • Hazır Kullanım
    • Konteyner Açma, Ekleme ve Kapatma
    • Konteyner içinde Anaconda
    • Konteyner, MPI ve GPU